土壤、水體、糞便等樣本中的微生物一般為混合菌，需要在一定條件下通過(guò)培養(yǎng)、分離、純化后，得到純菌。對(duì)純的細(xì)菌、真菌等菌種，均可進(jìn)行菌種鑒定服務(wù)。

菌種鑒定一般是提取純菌A的基因組DNA，然后PCR擴(kuò)增16s rDNA片段，之后通過(guò)一代測(cè)序或三代測(cè)序檢測(cè)16S rDNA的全長(zhǎng)，與上的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Blast比對(duì)，默認(rèn)選取比對(duì)結(jié)果中相似性高的位的物種分類信息，之后構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，后得出樣本A與XX物種的相似性高。

菌種鑒定手段包括：

（1）常規(guī)鑒定

常規(guī)鑒定的內(nèi)容有形態(tài)特征和理化特性。形態(tài)特征包括顯微形態(tài)和培養(yǎng)特征；理化特性包括營(yíng)養(yǎng)類型、碳氮源的利用能力、各種代謝反應(yīng)、酶反應(yīng)等；新種等可做細(xì)胞壁化學(xué)組分、肽聚糖種類，脂肪酸含量， DNA-DNA雜交、G+C摩爾百分比等。

（2）BioLog碳源自動(dòng)分析鑒定

BioLog鑒定系統(tǒng)以微生物對(duì)不同碳源的利用情況為基礎(chǔ)，檢測(cè)微生物的特征指紋圖譜，建立與微生物種類相對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)。通過(guò)軟件將待測(cè)微生物與數(shù)據(jù)庫(kù)參比，得出鑒定結(jié)果。該系統(tǒng)已獲美國(guó)FDA認(rèn)可，已逐步應(yīng)用于食品和飲品企業(yè)、環(huán)保、海洋生物/水產(chǎn)品、制藥、農(nóng)業(yè)微生物、生物治理、化妝品、臨床等領(lǐng)域的微生物鑒定試驗(yàn)中，可鑒定包括革蘭氏陰性菌、革蘭氏陽(yáng)性菌、厭氧菌、酵母、絲狀真菌在內(nèi)的近2000種微生物。

（3）分子生物學(xué)鑒定

應(yīng)用分子生物學(xué)方法從遺傳進(jìn)化角度闡明微生物種群之間的分類學(xué)關(guān)系是目前微生物分類學(xué)研究普遍采用的鑒定方法。GIMCC擁有應(yīng)用于微生物菌種分類鑒定的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室，配置有PCR儀、高速冷凍離心機(jī)、電泳儀、凝膠成像儀等設(shè)備，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等系列序列分析軟件。目前GIMCC可采用核酸序列分析法分析細(xì)菌16S rDNA/16S-23S rDNA區(qū)間序列、酵母18S rDNA和26S rDNA D1/D2序列及絲狀真菌的18S rDNA和ITS1-5.8S-ITS2序列，構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，提供科學(xué)的鑒定結(jié)果。

（4）API自動(dòng)鑒定（生化指標(biāo)）

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