認定程序如下： （一）企業申請 企業對照本辦法進行自我評價。認為符合認定條件的在“認定管理工作網”注冊登記，向認定機構提出認定申請。申請時提交下列材料： 1. 認定申請書； 2. 企業依法成立的相關注冊登記； 3. 知識產權相關材料、科研項目立項、科技成果轉化、研究開發的組織管理等相關材料； 4. 企業高新技術產品（服務）的關鍵技術和技術指標、生產批文、認證認可和相關資質證書、產品質量檢驗報告等相關材料； 5. 企業職工和科技人員情況說明材料； 6. 經具有資質的中介機構出具的企業近三個會計年度研究開發費用和近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發活動說明材料； 7. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告（包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書）； 8. 近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表。 （二）評審 認定機構應在符合評審要求的中，隨機抽取組成組。組對企業申報材料進行評審，提出評審意見。 （三）審查認定 認定機構結合組評審意見，對申請企業進行綜合審查，提出認定意見并報小組辦公室。認定企業由小組辦公室在“認定管理工作網”公示10個工作日，無異議的，予以備案，并在“認定管理工作網”公告，由認定機構向企業頒發統一印制的“證書”；有異議的，由認定機構進行核實處理。 第十三條 企業獲得后，應每年5月底前在“認定管理工作網”填報上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表。 第十四條 對于涉密企業，按照國家有關保密工作規定，在確保涉密信息安全的前提下，按認定工作程序組織認定。

關于長期資產攤銷 研發活動所需的長期資產的購置經過研究開發項目相關負責人批準。攤銷的會計政策經過申報企業的董事會批準，會計部門執行經過批準的會計政策。長期資產攤銷費用在不同研究開發項目之間按照機器工時或其他合理標準分配，各研究開發項目的機器工時或其他標準統計單據須經過研發部門相關負責人簽署。

建立外包制度 所有研發活動的外包合同經過研究開發項目負責人簽署。財務部門依據經過簽署的研發活動外包合同和對方提供的有效付款憑證，以及表明經過研究開發項目負責人簽署的外包研發活動進展情況的驗收確認單據付款，會計人員核對合同和付款單據后記賬。研發機構對委托的外部研發投入和境內的外部研發支出在費用單據上進行標注，并經相關負責人審批。財務部門對委托的外部研發投入和境內的外部研發支出分別設立賬戶核算。所有的外包支付申請說明外包所屬的研究開發項目名稱、項目編號。財務部門依據研究開發項目名稱、項目編號將外包費用計入相應的研究開發項目。