先，兩個標準的適用范圍不同，ISO22000比GB/T27341的適用范圍更廣。ISO22000:2005《食品管理體系-食品鏈中各類組織的要求》，適合于食品鏈中的各類組織，包括直接介入食品鏈中的組織，包括但不限于飼料加工者，收獲者，農作物種植者，輔料生產者，食品生產者，零售商，食品服務商，配餐服務組織，提供清潔和服務、運輸、貯存和分銷服務的組織;也包括其他間接介入食品鏈的組織，包括但不限于設備、清潔劑、包裝材料以及其他與食品接觸材料的供應商。GB/T27341-2009《危害分析與關鍵控制點體系食品生產企業通用要求》，適合于食品生產(包括配餐)企業。
盡管兩個標準均以HACCP的7個基本原理為核心，以CAC《危害分析與關鍵控制點體系及其應用準則》12個步驟為主線制定的標準，但連個標準在結構與內容上存在一定的差別。ISO22000標準完成參照ISO9001:2008標準結構;GB/T27241標準前面部分參照了ISO9001:2008標準結構，第7部分完全引用了CAC《危害分析與關鍵控制點(HACCP)體系及其應用準則》12個步驟。在內容上各具特色，ISO22000標準特別強調了在食品鏈中相關方之間溝通的重要性，為了確保食品鏈每個環節中所有相關的食品危害均得到識別和充分控制，沿食品鏈進行的溝通。組織在食品鏈中的上下游的組織間均需要進行溝通。與顧客和供方關于確定的危害和控制措施的溝通將有助于澄清顧客和供方的要求。同時強調了“確認”和“驗證”的重要性，在標準多處提到了確認和驗證的要求。GB/T27341標準特別強調了“食品防護計劃”的重要性，食品防護計劃是為了保護食品供應，免于遭受生物的、化學的、物理的蓄意污染或人為破壞而制定并實施的措施，是HACCP計劃的必要補充。

1.ISO22000認證是食品管理體系國際標準，HACCP認證是食品管理原理。ISO22000是一個關于食品管理體系的國際標準，它可以食品鏈中的各類組織，按照基本的管理要素要求建立以HACCP為原理的食品管理體系。ISO22000標準可以用于組織自我完善和日常管理規范檢查的方內審。ISO22000也可以用于作為組織對其供應商第二方審核的標準依據，當然也可以用于第三方商業認證。
2. ISO22000認證是涵蓋了系統化管理體系的全部特征，HACCP認證只是針對產品流程風險評估的工具。
3. ISO22000涵蓋了所有食品鏈中的行業，是個國際標準，具有所有管理體系特征，以HACCP為原理的風險識別、管理的標準。

什么是有機認證？
有機認證是有機農產品認證的簡稱。有機認證是一些國家和有關國際組織認可并大力推廣的一種農產品認證形式，也是我國國家認證認可監督管理統一管理的認證形式之一。推行產品認證的目的，是推動和加快有機產業的發展，產品生產和加工的質量，滿足消費者對產品日益增長的需求，減少和防止農藥、化肥等農用化學物質和農業廢棄物對環境的污染，促進社會、經濟和環境的持續發展。